上海海关学院在职研究生为“服务国家特殊需求人才培养项目——学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生试点工作单位”，试点培养税务硕士专业学位研究生。设有海关管理系、经济与工商管理系、法律系、外语系、基础部（思想政治理论部）等五个教学系（部）；设置了海关管理、物流管理、审计学、国际商务、税收学、法学、英语等7个本科专业和上海海关学院非全日制研究生税务硕士专业学位点，涵盖管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。其中，海关管理专业为国家控制布点特设专业，法学、税收学专业分别是教育部第二、三批高等学校特色专业建设点。

上海海关学院主要任务是立足海关、面向社会，培养符合海关事业和经济社会发展需要的应用型、复合型、涉外型的高素质海关管理专业人才以及服务口岸物流和国际商务的外经贸专业人才。并积极开展海关理论研究和国际交流。学校同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务；并根据世界海关组织（WCO）的分工和亚太区域国家和地区的要求，逐步承担该区域海关人员培训任务，履行相应的国际义务。

上海海关学院学校现有专任教师151人，其中教授16人，副教授48人，具有高级专业技术职务教师的比例为42.4%。具有博士学位教师65人、硕士学位教师71人，具有研究生学历教师的比例为90.1%。师资队伍结构合理，教学科研水平较高。学校设有海关管理研究所和海关法、海关风险管理、关税、海关公共关系、报关等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学校获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。公开出版学术期刊《海关与经贸研究》。