重庆工商大学在职研究生教育有应用经济学、工商管理、环境科学与工程等8个非全日制研究生一级学科硕士学位授权点和博士后科研工作站、博士后流动站分站。拥有应用经济学、工商管理、环境科学与工程等市级重点学科。

重庆工商大学经济学院非全日制研究生有经济学、贸易经济、国际经济与贸易和会展经济与管理四个专业，有区域经济学和产业经济学两个硕士点。有以经济贸易学院为主的研究机构4个：重庆市《资本论》与社会主义市场经济研究会、重庆市数量经济学会、重庆市南岸区发展研究中心。

财政金融学院非全日制研究生方向信用管理、商业银行经营与管理和公司金融、投融资理论与政策、资本市场理论与实物、商业保险理论与实务、社会保障理论与实务、保险营销、农业保险、证券市场、上市公司研究、金融投资理论与实践、资本市场定价，证券投资分析，项目投资决策、创业风险投资、多层次资本市场构建、金融生态、资本运营、投融资管理、经济发展的金融支持系统、金融理论与政策、银行经营管理、税收理论与实务、税收筹划、税收会计、财税理论与实践、中小企业投融资及国际金融理论应用研究、财政税收理论与政策、商业银行经营与管理、商业保险理论与实务。

管理学院非全日制研究生专业为工商管理、信息管理与信息系统、人力资源管理、工程管理专业。有工商管理一级学科硕士授予权。企业工商管理学科是重庆市重点学科，工商管理专业是学校品牌专业，《管理学》、《战略管理》、《管理信息系统》课程是重庆市精品课程，《人力资源管理》等课程为校级精品课程和重点课程。

会计学院有会计学、财务管理两个本科专业和一个会计学硕士点。会计学专业是国家级特色专业，会计学教学团队是重庆市优秀教学团队。会计学院与ACCA、KAPLAN等国际机构联合办学，举办会计学专业ACCA（特许公认会计师）项目教学班，成为重庆市第一家开办ACCA项目成建制教学班的学校。在《会计研究》等刊物上累计发表学术论文2600余篇。

重庆工商大学在职研究生培养扎根重庆、立足西南，紧密结合区域经济社会发展的非全日制研究生人才需求，创新人才培养模式，着力培育具有创新精神和实践能力的应用型复合型高素质在职研究生专门人才。有的已成为技术、管理、科研和教学等方面的骨干，为国家经济建设和社会发展做出了积极贡献。