上海海事大学研究生教育始于1979年，是我国首批经国务院学位委员会批准有权授予硕士学位的高等院校之一。1986年7月成立研究生部，2014年4月成立研究生院，负责全校研究生教育和教学管理工作。1994年起具有单独入学考试招收在职研究生的自主权。截至2014年1月，学校共有13个一级学科硕士学位授权点，59个二级学科硕士学位授权点，6个专业学位硕士授权点和10个工程硕士专业学位授权领域。学科专业涉及工学、管理学、经济学、法学、文学五大门类、17个一级学科和相关二级学科。

作为一所以航运为特色的多学科大学，拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地——上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地(上海航运中心建设研究方向)等省部级重点研究基地。学校在加强研究生基础教育、专业技能训练的同时，重视研究生参与科研项目，在许多国家级、省(部)级重大项目中，研究生都成了主要参与者，在围绕将上海建设成为国际航运中心的有关项目和课题研究中做了不少工作，如“外高桥保税区经济发展与管理模式的研究”、“上海港港口发展战略若干问题的研究”、“运输网络中的交通控制系统”等，还参与了航海科学项目的研究及港航企业的设备管理、改造项目，如“轮机模拟器”、“航海操纵模拟器”、“大型柴油机机舱综合仿真系统”等。

上海海事大学在国内外高等院校和学术界，尤其在国际航运界的影响日益扩大，受到联合国有关机构和国际海事组织IMO的广泛重视，与国际航运教育和科研机构有着密切的联系。学校同联合国亚太经社会合作举办了两期学制为三年的航运经济管理研究生班;由学校组织教学的中英浦东高级商务英语培训部也设在上海海事大学;1990年起，学校先后与欧亚拉美等10多个国家和联合国有关机构联合举办了60余期各类专门业务讲习班、研讨班、讲座和讲学，与波兰格丁尼亚高等海洋学校、前苏联敖德萨海运学院、日本神户商船大学、日本东京商船大学、荷兰马斯特里赫特管理学院、韩国釜山大学等建立了校际关系，并与英国剑桥大学、英国卡迪夫大学、德国汉堡应用技术大学、美国纽约州立大学海运学院、美国太平洋大学麦乔奇法学院、澳大利亚海运学院、西澳大利亚大学、世界海事大学、美国缅因海事大学，香港理工大学等都有合作或交流，学校还与波罗的海国际航运工会、日本邮船株式会社、丹麦诺登轮船公司、意大利船级社、法国布雷斯特科技园区、美国福茂集团等建立了密切的合作关系。